数码显微镜的主要好处在于：传统的光学显微镜只能供一人使用，要分享显微镜的影像很困难，而要拍摄显微镜内的影像，亦往往需要用到特别的仪器帮助。然而，数码显微镜由于可以与电脑接驳，使显微镜内的视像可以透过连接到课室的投影机播放，使课室内的学生可以一同观看影像，对课堂秩序的管理亦有帮助。
数码显微镜与普通显微镜之间的不同，有下面的六大区别：
1．具有显微摄像功能，把观察到的显微效果保存下来，形成图文文件，可给相关部门互相传阅；普通显微镜只能通过目镜观察，不能进行显微摄像。
2．与电脑相接，可以实现多人同时观察；普通显微镜只能一人观察。
3．通过电脑屏幕预览，可以减少眼睛疲劳；普通显微镜则需要每时每刻通过目镜观察，容易造成眼睛过度疲劳。
4．数码显微镜的成像装置可以有测量，打印图文报告，录像等功能；普通显微镜只能单纯的进行显微观察。
5．数码显微镜是现代科学仪器仪表发展的一个新时代，具有很多普通显微镜没有的功能。它在科学研究、产品检测、教学演示、考古等方面都有迅速的发展。
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